Debellati i saraceni nel 1300, Carlo d'Angio II, ottenne dal Papa Bonifacio VIII, il permesso di erigere una chiesa in onore di S. Francesco, che si dice sia passato per Lucera nel 1221, e di construire un attiguo convento per i Frati Minori, in memoria e ricordo di suo figlio S. Ludovico(1274-1297) vescovo di Tolosa, che una legenda dice sia nato nel castello di Lucera. La chiesa, probabilmente, fu costruita da Pietro d'Angicourt, tra il 1301 e il 1304 e presenta una struttura semplice e lineare.
Il tempo e le intemperie danneggiarono l'edificio fin quando, dopo il terremoto del 20 marzo 1731, il Padre Maestro S.Francesco Antonio Fasani, vi pose riparo con dei restauri che risentirono della corrente barocca del periodo. Solo una serie di radicali restauri tra il 1936 e il 1942, riportarono il tempio al primitivo splendore.
La facciata a capanna, tipica derivazione del romanico-lombardo, è costruita in laterizzi come il resto della chiesa. Il prospetto è adornato da un mirabile portale sovrastato da uno splendido rosone. Il primo è formato da un insieme di snelle colonnine e pilastrini, su cui si elevano sottili nervature ogivali, degradanti verso l'interno e due cariatidi sostenenti le astremità delle spiovenze a triangolo, che racchiudeono il portale. Il rosone, invece, ingemma la facciata inserendosi in esso come una magica ruota a 16 raggi. E' evidente una fusione tra elementi romanici e elementi gotici.

Sulla parete d'ingresso della chiesa, possiamo ammirare tele di scuola napoletana del sec. XVIII, attribuite a Girolamo Genatempo, tra cui S.Gennaro e la Madonna della Provvidenza. Le spoglie del Santo Fasani, prima tumulate all'inizio della navata, si trovano ora in un'urna di bronzo, dono della famiglia Sacco (1951), situata sotto l'altare maggiore (1942).
Il primo Santo della Capitanata, chiamato dai lucerini "Padre Maestro", è stato canonizzato il 13 aprile del 1985 da Papa Giovanni Paolo II e, ai lati della parete d'ingresso, si trovano due tele che raffigurano i due miracoli attribuiti al Fasani, che il 15 aprile del 1951, portarono alla sua beatificazione ad opera do Papa Pio XII. Sempre nella vicinanze dell'ingresso sono esposti degli indumenti appartenuti al Padre Maestro, tra cui un cilizio, un cappello e due mantelli.Difianco all'armadio delle reliquie, attraverso una porta, si raggiunge l'oratorio della Santa Croce, di cui non si conosce la data precisa della sua edificazione e che era destinato agli esercizi di pietà dei confratelli della Santa Croce.
L'attenzione del visitatore è subito richiamata dalla vasta tela raffigurante la Deposizione dalla Croce, opera del 1669 che si pensa si stata dipinta da Pietro Marchesi su commissione della confraternita